稅收實(shí)踐中關(guān)于權(quán)責(zé)發(fā)生制原則的具體運(yùn)用與會(huì)計(jì)準(zhǔn)則中的權(quán)責(zé)發(fā)生制有所不同，它還受制于稅基確定性的原則要求。例如，按照會(huì)計(jì)準(zhǔn)則中的權(quán)責(zé)發(fā)生制原則，屬于當(dāng)期的費(fèi)用，不論款項(xiàng)是否支付，均應(yīng)作為當(dāng)期費(fèi)用，然而，在企業(yè)所得稅匯算清繳時(shí)，如果企業(yè)未取得與費(fèi)用有關(guān)的合法、有效憑證，則通常不能扣除相應(yīng)費(fèi)用。而在收入確認(rèn)方面，稅法中的權(quán)責(zé)發(fā)生制同樣有其獨(dú)特之處。
　　(二)分類與確認(rèn)：關(guān)于計(jì)稅收入的基本規(guī)定
　　1、新法中將收入分為應(yīng)稅收入、免稅收入、不征稅收入三類，其中不征稅收入是一個(gè)新的收入范疇。新法第七條規(guī)定的不征稅收入包括：財(cái)政撥款;依法收取并納入財(cái)政管理的行政事業(yè)性收費(fèi)、政府性基金;國務(wù)院規(guī)定的其他不征稅收入。條例第二十六條明確規(guī)定，“政府性基金”是指企業(yè)依照法律、行政法規(guī)等有關(guān)規(guī)定，代政府收取的具有專項(xiàng)用途的財(cái)政資金;“國務(wù)院規(guī)定的其他不征稅收入”是指企業(yè)取得的，由國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門規(guī)定專項(xiàng)用途并經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)的財(cái)政性資金。這一規(guī)定顯然承襲了《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)補(bǔ)貼收入征稅等問題的通知》(財(cái)稅[1995]81號(hào))中的有關(guān)規(guī)定，企業(yè)取得的各種財(cái)政性資金能否不作應(yīng)稅收入，必須符合規(guī)定條件并有國家明文列舉。在既往的部門規(guī)章中，明文規(guī)定的不征稅收入只限于較小的范圍之內(nèi)，新法實(shí)施后這些項(xiàng)目是否延續(xù)，是否有所調(diào)整，則是需要關(guān)注的實(shí)際問題。
　　不過，在收入與扣除及虧損彌補(bǔ)的關(guān)系上，新法及條例發(fā)生了重要變化?！秶叶悇?wù)總局關(guān)于企業(yè)的免稅所得彌補(bǔ)虧損問題的通知》(國稅發(fā)[1999]34號(hào))規(guī)定：“如果一個(gè)企業(yè)既有應(yīng)稅項(xiàng)目，又有免稅項(xiàng)目，其應(yīng)稅項(xiàng)目發(fā)生虧損時(shí)，按照稅收法規(guī)規(guī)定可以結(jié)轉(zhuǎn)以后年度彌補(bǔ)的虧損，應(yīng)該是沖抵免稅項(xiàng)目所得后的余額。此外，雖然應(yīng)稅項(xiàng)目有所得，但不足彌補(bǔ)以前年度虧損的，免稅項(xiàng)目的所得也應(yīng)用于彌補(bǔ)以前年度虧損。”例如，A公司2008年度應(yīng)稅收入為900萬元，相應(yīng)扣除額為1 000萬元，同時(shí)從子公司分回利潤260萬元(即免稅收入)。如果按照國稅發(fā)[1999]34號(hào)文的規(guī)定，A公司應(yīng)稅項(xiàng)目的虧損100萬元必須以免稅收入260萬元予以彌補(bǔ)，則結(jié)轉(zhuǎn)以后年度的虧損為0。而新法第五條規(guī)定：“企業(yè)每一納稅年度的收入總額，減除不征稅收入、免稅收入、各項(xiàng)扣除以及允許彌補(bǔ)的以前年度虧損后的余額，為應(yīng)納稅所得額”。條例第十條規(guī)定：“企業(yè)所得稅法第五條所稱虧損，是指企業(yè)依照企業(yè)所得稅法和本條例的規(guī)定將每一納稅年度的收入總額減除不征稅收入、免稅收入和各項(xiàng)扣除后小于零的數(shù)額”。據(jù)此，A公司2008年度的應(yīng)納稅所得額為：(收入總額1 160-免稅收入260)-扣除額1 000= -100(萬元)，即存在可結(jié)轉(zhuǎn)以后年度彌補(bǔ)的虧損100萬元。